| 北海道地方 | 北海道 | 本島：稚内港｜羽幌港｜小樽港｜苫小牧港｜室蘭港｜江差港｜函館港
離島：奥尻港｜鴛泊港｜沓形港｜香深港｜天売港｜焼尻港 |
| 東北地方 | 青森県 | 本島：大間港｜蟹田港｜青森港｜八戸港｜脇野沢港 |
| 岩手県 | |
| 宮城県 | 本島：鮎川港｜女川港｜石巻港｜塩釜港｜仙台港
離島：出島港｜寺間港｜江島港｜金華山港｜仁斗田港｜大泊港｜網代港長渡港｜桂島桟橋｜石浜桟橋｜野々島桟橋｜野々島学校下桟橋｜寒風沢島桟橋｜朴島桟橋 |
| 秋田県 | |
| 山形県 | 本島：酒田港
離島：勝浦港 |
| 福島県 | |
| 関東地方 | 茨城県 | 本島：大仙港
渡船：小堀渡船場｜取手緑地運動公園駐車場前渡船場｜取手ふれあい桟橋 |
| 栃木県 | 渡船：赤岩渡船場 |
| 群馬県 | |
| 埼玉県 | 渡船：葛和田渡船場 |
| 千葉県 | 本島：金谷港｜館山港 |
| 東京都 | 本島：東京港
離島：岡田港｜元町港｜新島港｜神津島港｜利島港｜野状港｜底土港｜八重根港｜御蔵島港｜三池港／大久保港／伊ヶ谷漁港｜二見港｜母島沖港
渡船：柴又渡船場｜矢切渡船場 |
| 神奈川県 | 本島：横須賀港｜横浜港｜山崎港
離島：城ヶ島港
渡船：東渡船場｜西渡船場 |
| 北陸地方 | 新潟県 | 本島：新潟港｜岩船港｜直江津港
離島：粟島港｜小木港｜両津港 |
| 富山県 | 渡船：越の潟発着場｜堀岡発着場 |
| 石川県 | 本島：輪島港
離島：舳倉港 |
| 福井県 | 本島：敦賀港 |
| 山梨県 | |
| 長野県 | |
| 東海地方 | 岐阜県 | 渡船：鏡島渡船場｜一日市場渡船場｜愛知県営西中野渡船場 |
| 静岡県 | 本土：清水港｜下田港｜土肥港 |
| 愛知県 | 本土：一色港｜伊良湖港｜河和港｜名古屋港｜師崎港
離島：佐久島東港｜佐久島西港｜日間賀島北港｜日間賀島東港｜日間賀島西港｜篠島港
渡船：愛知県営西中野渡船場｜市営牛川の渡し |
| 三重県 | 本土：鳥羽港｜津松阪港
離島：神島港｜答志港｜坂手港
渡船：わたかの島対岸渡船場｜的矢船着場｜三ヶ所船着場｜渡鹿野島渡船場｜和田渡船場 |
| 近畿地方 | 滋賀県 | 湖沼：大津港｜彦根港｜長浜港
湖島：沖島港｜竹生島港 |
| 京都府 | 本土：舞鶴港
湖沼：今津港 |
| 大阪府 | 本土：泉大津港｜大阪港｜大阪南港
離島：泉州港
渡船：天保山渡船場｜甚兵衛渡船場｜千歳渡船場｜木津川渡船場｜千本松渡船場｜落合下渡船場 |
| 兵庫県 | 本土：神戸港｜東神戸港
離島：あわじ交流の翼港｜岩屋港｜洲本港｜津名港｜土生港｜生石桟橋｜由良支所北桟橋｜野奈浦桟橋｜沼島港 |
| 奈良県 | - |
| 和歌山県 | 本土：加太港｜和歌山港
離島：友ヶ島港 |
| 中国地方 | 鳥取県 | |
| 島根県 | |
| 岡山県 | |
| 広島県 | |
| 山口県 | |
| 四国地方 | 徳島県 | |
| 香川県 | |
| 愛媛県 | |
| 高知県 | |
| 九州地方 | 福岡県 | |
| 佐賀県 | |
| 長崎県 | |
| 熊本県 | |
| 大分県 | |
| 宮崎県 | |
| 鹿児島県 | |
| 沖縄県 | |
