| ⚓ 港案内 |
| 北海道地方 | 北海道 | 本島：稚内港・羽幌港・小樽港・苫小牧港・室蘭港・江差港・函館港
離島：奥尻港・鴛泊港・沓形港・香深港・天売港・焼尻港 | |
| 東北地方 | 青森県 | 本島：大間港・蟹田港・青森港・八戸港・脇野沢港 |
| 岩手県 | - |
| 宮城県 | 本島：鮎川港・女川港・石巻港・塩釜港・仙台港
離島：出島港・寺間港・江島港・金華山港・仁斗田港・大泊港・網代港・長渡港・桂島桟橋・石浜桟橋・野々島桟橋・野々島学校下桟橋・寒風沢島桟橋・朴島桟橋 |
| 秋田県 | - |
| 山形県 | 本島：酒田港
離島：勝浦港 |
| 福島県 | - |
| 関東地方 | 茨城県 | 本島：大仙港
渡船：小堀渡船場・取手緑地運動公園駐車場前渡船場・取手ふれあい桟橋 |
| 栃木県 | 渡船：赤岩渡船場 |
| 群馬県 | - |
| 埼玉県 | 渡船：葛和田渡船場 |
| 千葉県 | 本島：金谷港・館山港 |
| 東京都 | 本島：東京港
離島：岡田港・元町港・新島港・神津島港・利島港・野状港・底土港・八重根港・御蔵島港・三池港／大久保港／伊ヶ谷漁港・二見港・母島沖港
渡船：柴又渡船場・矢切渡船場
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| 神奈川県 | 本島：横須賀港・横浜港・山崎港
離島：城ヶ島港
渡船：東渡船場・西渡船場 |
| 北陸信越地方 | 新潟県 | 本島：岩船港・直江津港
離島：粟島港・小木港・両津港 |
| 富山県 | 渡船：越の潟発着場・堀岡発着場 |
| 石川県 | 本島：輪島港
離島：舳倉港
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| 福井県 | 本島：敦賀港 |
| 山梨県 | - |
| 長野県 | - |
| 東海地方 | 岐阜県 | 渡船：鏡島渡船場・一日市場渡船場・愛知県営西中野渡船場 |
| 静岡県 | 本土：清水港・下田港・土肥港
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| 愛知県 | 本土：一色港・伊良湖港・河和港・名古屋港・師崎港
離島：佐久島東港・佐久島西港・日間賀島北港・日間賀島東港・日間賀島西港・篠島港
渡船：愛知県営西中野渡船場・市営牛川の渡し |
| 三重県 | 本土：鳥羽港・津松阪港
離島：神島港・答志港・菅島・坂手港
渡船：わたかの島対岸渡船場・的矢船着場・三ヶ所船着場 渡鹿野島渡船場・和田渡船場 |
近畿地方
| 滋賀県 | 湖沼：大津港・彦根港・長浜港
湖島：沖島港・竹生島港 |
| 京都府 | 本土：舞鶴港
湖沼：今津港
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| 大阪府 | 本土：泉大津港・大阪港・大阪南港
離島：泉州港
渡船：天保山渡船場・甚兵衛渡船場・千歳渡船場・木津川渡船場・千本松渡船場・落合下渡船場 |
| 兵庫県 | 本土：神戸港・東神戸港
離島：あわじ交流の翼港・岩屋港・洲本港・津名港・土生港・生石桟橋・由良支所北桟橋・野奈浦桟橋・沼島港
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| 奈良県 | - |
| 和歌山県 | 本土：加太港・和歌山港
離島：友ヶ島港 |
中国地方
| 鳥取県 | |
| 島根県 | |
| 岡山県 | |
| 広島県 | |
| 山口県 | |
| 四国地方 | 徳島県 | |
| 香川県 | |
| 愛媛県 | |
| 高知県 | |
九州地方
| 福岡県 | |
| 佐賀県 | |
| 長崎県 | |
| 熊本県 | |
| 大分県 | |
| 宮崎県 | |
| 鹿児島県 | |
| 沖縄県 | |
| 旅客船フェリーが就航する港のみ記載 |
