| 長距離フェリー航路 | F１ | 名古屋港（愛知県） - 仙台港（宮城県） - 苫小牧港［西］（北海道） | いしかり
きそ
きたかみ | 1,330㎞ | 40時間30分 | 太平洋フェリー |
| F２ | 舞鶴港（京都府） - 小樽港（北海道） | あかしあ
はまなす | 1,061㎞ | 20時間15分 | 新日本海フェリー |
| F３ | 新潟港（新潟県） - 小樽港（北海道） | あざれあ
らべんだあ | 692㎞ | 17時間 |
| F４ | 敦賀港（福井県） - 苫小牧港［東］（北海道） | すいせん
すずらん | 948㎞ | 19時間30分 |
| F５ | 敦賀港（福井県） - 新潟港（新潟県） - 秋田港（秋田県） - 苫小牧港［東］（北海道） | らいらっく
ゆうかり | 1,074㎞ | 31時間20分 |
| F６ | 大洗港（福井県） - 苫小牧港［西］（北海道） | さんふらわあ さっぽろ
さんふらわあ ふらの
さんふらわあ しれとこ
さんふらわあ だいせつ | 754㎞ | 19時間30分 | 商船三井さんふらわあ
|
| F７ | 神戸港（兵庫県） - 大分港（大分県） | さんふらわあごーるど
さんふらわあぱーる | 411㎞ | 12時間 |
| F８ | 大阪港（大阪府） - 別府港（大分県） | さんふらわあ くれない
さんふらわあ むらさき | 425㎞ | 11時間20分 |
| F９ | 大阪港（大阪府）- 志布志港（鹿児島県） | さんふらわあ きりしま
さんふらわあ さつま | 580㎞ | 15時間 |
| F10 | 神戸港（兵庫県） - 新門司港（福岡県） | やまとつくし | 454㎞ | 12時間30分 | 阪九フェリー |
| F11 | 泉大津港（大阪府） - 新門司港（福岡県） | いずみひびき | 458㎞ | 12時間30分 |
| F12 | 新門司港（福岡県） - 徳島港（徳島県） - 東京港（東京都） | フェリーしまんと
フェリーどうご
フェリーびざん
フェリーりつりん | 1,163㎞ | 34時間10分 | オーシャン東九フェリー |
| F13 | 新門司港（福岡県） - 横須賀港（神奈川県） | はまゆうそれいゆ | 976㎞ | 21時間15分 | 東京九州フェリー |
| F14 | 新門司港（福岡県） - 大阪港（大阪府） | フェリーおおさかII
フェリーきたきゅうしゅう
IIフェリーきょうと
フェリーふくおか | 458㎞ | 12時間30分 | 名門大洋フェリー |
| F15 | 宮崎港（宮崎県） - 神戸港（兵庫県）
| フェリーたかちほフェリーろっこう | 495㎞ | 12時間20分 | 宮崎カーフェリー |
| F16 | 東京港（東京都） - 二見港（父島） | おがさわら丸 | 1,000㎞ | 24時間 | 小笠原海運 |
| F17 | 鹿児島本港（鹿児島県） - 喜界港（喜界島） - 名瀬新港（奄美大島） - 古仁屋港（奄美大島） - 平土野港（徳之島） - 知名港（沖永良部島） | フェリーあまみフェリーきかい | 659㎞ | 18時間50分 | マリックスラインマルエーフェリー |
| F18 | 鹿児島本港（鹿児島県） - 口之島港（口之島） - 中之島港（中之島） - 南之浜港（平島） - 切石港（諏訪之瀬島） - 悪石港（悪石島） - 小宝島港（小宝島島） - 前籠漁港（宝島） - 名瀬新港（奄美大島） | フェリーとしま2 | 427㎞ | 15時間20分 | 十島村 |
| F19 | 鹿児島新港（鹿児島県） - 名瀬港（奄美大島） - 亀徳港（徳之島） - 島和泊港（沖永良部島） - 与論港（与論島） - 本部港（沖縄県） - 那覇港（沖縄県）
| クイーンコーラルクロスクイーンコーラルプラス
| 735㎞
| 25時間 | マリックスライン
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北海道地方
離島航路 | FH1
| 羽幌港（北海道） - 焼尻港（焼尻島） - 天売港（天売島）
| おろろん2
さんらいなぁ2
| 35㎞
| | 羽幌沿海フェリー
|
| FH2 | 稚内港（北海道） - 鴛泊港（利尻島） | アマポーラ宗谷
サイプリア宗谷
ボレアース宗谷
| 59㎞ | | ハートランドフェリー |
| FH3 | 稚内港（北海道） - 香深港（礼文島） | 52㎞ | |
| FH4 | 香深港（礼文島） - 鴛泊港（利尻島） | 19㎞ | |
| FH5 | 香深港（礼文島） - 沓形港（利尻島） | 19㎞ | |
| FH6 | 江差港（北海道） - 奥尻港（奥尻島） | カランセ奥尻 | 61㎞ | |
| 東北地方 | FT1 | 蟹田港（青森県） - 脇野沢港（青森県） | かもしか | | | むつ湾フェリー |
| FT2 | 女川港（宮城県） - 江島港（江島） - 寺間港（出島） - 出島港（出島） - 女川港（宮城県）
| しまなぎ | | | シーパル女川汽船 |
| FT3 | 女川港（宮城県） - 金華山港（金華山島） | アルティア（彦星）
べガ（織姫） | | | 潮プランニング |
| FT4 | 鮎川港（宮城県） - 金華山港（金華山島） | ホエール | | | 金華山観光 |
| FT5 | 鮎川港（宮城県） - 金華山港（金華山島）
| ドリーム | | | シードリーム金華山汽船 |
| FT6 | 鮎川港（宮城県） - 長渡港（網地島） - 網地港（網地島） - 仁斗田港（田代島） - 大泊港（田代島） - 石巻港［門脇］（宮城県） - 石巻港［中央］（宮城県） | シーキャット
マーメイドⅡ | | | 網代島ライン |
| FT7 | 塩釜港（宮城県） - 桂島桟橋（桂島） - 野々島桟橋（野々島） - 石浜桟橋（桂島） - 寒風沢島桟橋（寒風沢島） - 朴島桟橋（朴島） | うらと
しおじ
しおね | | | 塩竃市営汽船 |
| FT8 | 酒田港（山形県） - 勝浦港（飛島） | とびしま | | | 酒田市 |
関東地方
[首都圏] | | 横須賀港［久里浜］（神奈川県） - 金谷港（千葉県） | かなや丸
しらはま丸 | 11.5㎞ | | 東京湾フェリー |
小笠原諸島
伊豆諸島 | FI1 | 二見港（父島） - 母島港（母島） | ははじま丸 | | | 伊豆諸島開発 |
| FI2 | 下田港（静岡県） - 神津島港（神津島） - 野伏港（式根島）- 新島港（新島） - 利島港（利島） - 下田港（静岡県）
| あぜりあ丸
| | | 神新汽船
|
| FI3 | 東京港（東京都） - 元町港（伊豆大島） | セブンアイランド愛
セブンアイランド友
セブンアイランド大漁
セブンアイランド結 | | | 東海汽船 |
| FI4 | 東京港（東京都） - 横須賀港［久里浜］（神奈川県） - 元町港（伊豆大島） | | |
| FI5 | 東京港（東京都） - 館山港（千葉県） - 元町港（伊豆大島） | | |
| FI6 | 熱海港（静岡県） - 伊東港（静岡県） - 元町港（伊豆大島） | | |
| FI7 | 東京港（東京都） - 横浜港（神奈川県） - 元町港（伊豆大島） - 利島港（利島） - 新島港（新島） - 野伏港（式根島） - 神津島港（神津島） | さるびあ丸 | | |
| FI8 | 東京港（東京都） - 三池港／大久保港／伊ヶ谷漁港（三宅島） - 御蔵島港（御蔵島） - 底土港／八重根港（八丈島） | 橘丸 | | |
| FI9 | 底土港（八丈島） - 三宝港（青ヶ島） | くろしお丸 | | |
| FI10 | 新島（新島港） - 野伏港（式根島） | にしき | | | 東京都新島村 |
北陸地方
[日本海] | FN1 | 岩船港（新潟県） - 粟島港（粟島） | ニュー あわしま
awaline きらら | | | 粟島汽船 |
| FN2 | 新潟港（新潟県） - 両津港（佐渡島） | おけさ丸
ときわ丸 | | | 佐渡汽船 |
| FN3 | 直江津港（新潟県） - 小木港（佐渡島） | こがね丸
ぎんが
すいせい
つばさ | | |
| FN4 | 輪島港（石川県） - 舳倉島港（舳倉島） | 希海丸 | | | へぐら航路 |
| 渡船航路 | B1 | 石浜桟橋（桂島） - 野々島桟橋（野々島） | すずかぜ | | | 塩竃市営汽船 |
| B2 | 朴島桟橋（朴島） - 寒風沢島桟橋（寒風沢島）- 野々島学校下桟橋（野々島） | 第一うしお丸 | | |
| B3 | 小堀渡船場（茨城県） - 取手緑地運動公園駐車場前船着場（茨城県） - 取手ふれあい桟橋船着場 - 小堀渡船場（茨城県） | とりで号 | | | 小堀の渡し |
| B4 | 千代田渡船場（群馬県） - 熊谷渡船場（埼玉県） | | | | 矢切渡船 |
| B5 | 柴又渡船場（千葉県） - 柴又渡船場（東京都） | 愛宕丸 | | | 浦賀の渡し |
| B6 | 西渡船場（神奈川県） - 東渡船場（神奈川県） | さんしろ
白秋 | | | 三崎・城ケ島渡船 |
| B7 | 越の潟発着場（富山県） - 堀岡発着場（富山県）
| こしのかた | | | 富山県営渡船 |
| B8 | | | | | |
| B9 | | | | | |
| B10 | | | | | |
| B11 | | | | | |
| B12 | | | | | |
| B13 | | | | | |
| B14 | 天保山渡船場（大阪府）［築港側 - 桜島側］ | | | | |
| B15 | 甚兵衛渡船場（大阪府）［福崎側 -泉尾側］
| | | | |
| B16 | 千歳渡船場（大阪府）［北恩加島側 - 鶴舞側］
| | | | |
| B17 | 木津川渡船場（大阪府）［船町側 - 平林北側］
| | | | |
| B18 | 千本松渡船場（大阪府）［南津守側 - 南恩加島側］
| | | | |
| B19 | 落合上渡船場（大阪府）［北津守側 - 千島側］
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| B20 | 落合下渡船場（大阪府）［平尾側 - 津守側］
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